Higo, Junichi: шукати на сайті Z-Library

Higo, Junichi, Nakajima, Nobuyuki, Shirai, Hiroki, Kidera, Akinori, Nakamura, Haruki

Рік:

1996

Мова:

english

Файл:

PDF, 995 KB

english, 1996

Additions and corrections: ?Force field calculations (MM3) on glyoxal, quinones, and related compounds,? N. L. Allinger and Y. Fan,J. Comput. Chem.,15: 251(1994)

Журнал:

Higo, Junichi, Nakajima, Nobuyuki, Shirai, Hiroki, Kidera, Akinori, Nakamura, Haruki

Рік:

1997

Мова:

english

Файл:

PDF, 66 KB

english, 1997

Two-component multicanonical Monte Carlo method for effective conformation sampling

Журнал:

Ono, Satoshi, Nakajima, Nobuyuki, Higo, Junichi, Nakamura, Haruki

Рік:

1997

Мова:

english

Файл:

PDF, 213 KB

english, 1997

Peptide free-energy profile is strongly dependent on the force field: Comparison of C96 and AMBER95

Журнал:

Рік:

2000

Мова:

english

Файл:

PDF, 384 KB

english, 2000

Enhanced conformational diversity search of CDR-H3 in antibodies: Role of the first CDR-H3 residue

Sun Taek Kim, Hiroki Shirai, Nobuyuki Nakajima, Junichi Higo, Haruki Nakamura

Журнал:

Junichi Higo, Hidetoshi Kono, Haruki Nakamura, Akinori Sarai

Рік:

1999

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.59 MB

english, 1999

Solvent density and long-range dipole field around a DNA-binding protein studied by molecular dynamics

Журнал:

Junichi Higo, Vincent Collura, Jean Garnier

Рік:

2000

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.71 MB

english, 2000

Conformational requirement on peptides to exert laminin's activities and search for protein segments with laminin's activities

Koji Umezawa, Jinzen Ikebe, Motoyoshi Nomizu, Haruki Nakamura, Junichi Higo

Журнал:

Biopolymers

Рік:

2009

Мова:

english

Файл:

PDF, 322 KB

english, 2009

Development of an extended simulated annealing method: Application to the modeling of complementary determining regions of immunoglobulins

Журнал:

Biopolymers

Рік:

1992

Мова:

english

Файл:

PDF, 905 KB

english, 1992

Calibration of force-field dependency in free energy landscapes of peptide conformations by quantum chemical calculations

Satoshi Ono, Masataka Kuroda, Junichi Higo, Nobuyuki Nakajima, Haruki Nakamura

Журнал:

Junichi Higo, Masayoshi Nakasako

Рік:

2002

Мова:

english

Файл:

PDF, 267 KB

english, 2002

Hydration structure of human lysozyme investigated by molecular dynamics simulation and cryogenic X-ray crystal structure analyses: On the correlation between crystal water sites, solvent density, and solvent dipole

Журнал:

Kazuyoshi Ikeda, Oxana V. Galzitskaya, Haruki Nakamura, Junichi Higo

Рік:

2002

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.88 MB

english, 2002

β-Hairpins, α-helices, and the intermediates among the secondary structures in the energy landscape of a peptide from a distal β-hairpin of SH3 domain

Журнал:

Narutoshi Kamiya, Junichi Higo

Рік:

2003

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.08 MB

english, 2003

Repeated-annealing sampling combined with multicanonical algorithm for conformational sampling of bio-molecules

Журнал:

Junichi Higo, Yasunobu Sugimoto, Katsuzo Wakabayashi, Haruki Nakamura

Рік:

2001

Мова:

english

Файл:

PDF, 157 KB

english, 2001

Collective motions of myosin head derived from backbone molecular dynamics and combination with X-ray solution scattering data

Журнал:

Рік:

2001

Мова:

english

Файл:

PDF, 671 KB

english, 2001

Theory for trivial trajectory parallelization of multicanonical molecular dynamics and application to a polypeptide in water

Jinzen Ikebe, Koji Umezawa, Narutoshi Kamiya, Takanori Sugihara, Yasushige Yonezawa, Yu Takano, Haruki Nakamura, Junichi Higo

Журнал:

Рік:

2011

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.00 MB

english, 2011

Stability of two-dimensional crystalline aggregates of a protein studied by molecular dynamics

Junichi Higo, Mariko Yamaki, Michiru Hogyoku, Takuya Takahashi, Shigeru Endo, Kuniaki Nagayama

Журнал:

Рік:

1994

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.18 MB

english, 1994

Application of a high-performance, special-purpose computer, GRAPE-2A, to molecular dynamics

Junichi Higo, Shigeru Endo, Kuniaki Nagayama, Tomoyoshi Ito, Toshiyuki Fukushige, Toshikazu Ebisuzaki, Daiichiro Sugimoto, Hiroo Miyagawa, Kunihiro Kitamura, Junichiro Makino

Журнал:

Junichi Higo, Hideaki Umeyama

Рік:

1994

Мова:

english

Файл:

PDF, 434 KB

english, 1994

A Theoretical Approach to the Bell-Shaped Dependency of Cell Proliferation on the Hormone Concentration

Журнал:

Journal of Theoretical Biology

Рік:

1997

Мова:

english

Файл:

PDF, 297 KB

english, 1997

Topographical metric to analyze the thermal fluctuations of protein conformation

Takahisa Yamato, Minoru Saito, Junichi Higo

Журнал:

Teiichiro Ogawa, Junichi Kurawaki, Morihide Higo

Рік:

1994

Мова:

english

Файл:

PDF, 468 KB

english, 1994

Translational energy distribution and production mechanism of excited hydrogen atoms produced in electron-CH4 collisions

Журнал:

Chemical Physics

Рік:

1981

Мова:

english

Файл:

PDF, 617 KB

english, 1981

AMBER-based hybrid force field for conformational sampling of polypeptides

Narutoshi Kamiya, Yukihisa S. Watanabe, Satoshi Ono, Junichi Higo

Журнал:

Daisuke Mitomo, Yukihisa S. Watanabe, Narutoshi Kamiya, Junichi Higo

Рік:

2005

Мова:

english

Файл:

PDF, 424 KB

english, 2005

Explicit and GB/SA solvents: Each with two different force fields in multicanonical conformational sampling of a 25-residue polypeptide

Журнал:

Nobuyuki Hamasaki, Hiroo Miyagawa, Daisuke Mitomo, Akihiko Yamagisi, Junichi Higo

Рік:

2006

Мова:

english

Файл:

PDF, 409 KB

english, 2006

DNA-protein binding mediated by a solvent site-dipole field

Журнал:

Рік:

2006

Мова:

english

Файл:

PDF, 362 KB

english, 2006

Conformational sampling of a 40-residue protein consisting of α and β secondary-structure elements in explicit solvent

Jinzen Ikebe, Narutoshi Kamiya, Heisaburo Shindo, Haruki Nakamura, Junichi Higo

Журнал:

Рік:

2007

Мова:

english

Файл:

PDF, 484 KB

english, 2007

Structure dependency of a 24-residue peptide humanin on solvent and preferential solvation by trifluoroethanol studied by multicanonical sampling

Ryosuke Yagisawa, Narutoshi Kamiya, Jinzen Ikebe, Koji Umezawa, Junichi Higo

Журнал:

Junichi Higo, Narutoshi Kamiya, Takanori Sugihara, Yasushige Yonezawa, Haruki Nakamura

Рік:

2008

Мова:

english

Файл:

PDF, 641 KB

english, 2008

Verifying trivial parallelization of multicanonical molecular dynamics for conformational sampling of a polypeptide in explicit water

Журнал:

Tsuyoshi Yokomizo, Shin Yagihara, Junichi Higo

Рік:

2009

Мова:

english

Файл:

PDF, 422 KB

english, 2009

Rotational motions of solvent site–dipole field around a protein

Журнал:

Nobuyuki Nakajima, Junichi Higo, Akinori Kidera, Haruki Nakamura

Рік:

2003

Мова:

english

Файл:

PDF, 519 KB

english, 2003

Flexible docking of a ligand peptide to a receptor protein by multicanonical molecular dynamics simulation

Журнал:

Satoshi Ono, Nobuyuki Nakajima, Junichi Higo, Haruki Nakamura

Рік:

1997

Мова:

english

Файл:

PDF, 353 KB

english, 1997

The multicanonical weighted histogram analysis method for the free-energy landscape along structural transition paths

Журнал:

Kazuyoshi Ikeda, Takatsugu Hirokawa, Junichi Higo, Kentaro Tomii

Рік:

1999

Мова:

english

Файл:

PDF, 386 KB

english, 1999

Protein-segment universe exhibiting transitions at intermediate segment length in conformational subspaces

Журнал:

BMC Structural Biology

Рік:

2008

Мова:

english

Файл:

PDF, 4.50 MB

english, 2008

Universal partitioning of the hierarchical fold network of 50-residue segments in proteins

Jun-ichi Ito, Yuki Sonobe, Kazuyoshi Ikeda, Kentaro Tomii, Junichi Higo

Журнал:

BMC Structural Biology

Рік:

2009

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.47 MB

english, 2009

Ab initio simulation of a 57-residue protein in explicit solvent reproduces the native conformation in the lowest free-energy cluster

Jinzen Ikebe, Daron M. Standley, Haruki Nakamura, Junichi Higo

Журнал:

Рік:

2011

Мова:

english

Файл:

PDF, 602 KB

english, 2011

Modeling of protein loops by simulated annealing

V. Collura, Junichi Higo, J. Garnier

Журнал:

Daisuke Mitomo, Hironori K. Nakamura, Kazuyoshi Ikeda, Akihiko Yamagishi, Junichi Higo

Рік:

1993

Мова:

english

Файл:

PDF, 745 KB

english, 1993

Transition state of a SH3 domain detected with principle component analysis and a charge-neutralized all-atom protein model

Журнал:

Narutoshi Kamiya, Yasushige Yonezawa, Haruki Nakamura, Junichi Higo

Рік:

2006

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.31 MB

english, 2006

Protein-inhibitor flexible docking by a multicanonical sampling: Native complex structure with the lowest free energy and a free-energy barrier distinguishing the native complex from the others

Журнал:

Mitsunori Takano, Junichi Higo, Hironori K. Nakamura, Masaki Sasai

Рік:

2008

Мова:

english

Файл:

PDF, 596 KB

english, 2008

On the model granularity to simulate protein dynamics: A biological physics view on biomolecular computing

Журнал:

Natural Computing

Рік:

2004

Мова:

english

Файл:

PDF, 569 KB

english, 2004

Enhanced and effective conformational sampling of protein molecular systems for their free energy landscapes

Junichi Higo, Jinzen Ikebe, Narutoshi Kamiya, Haruki Nakamura

Журнал:

Biophysical Reviews

Рік:

2012

Мова:

english

Файл:

PDF, 848 KB

english, 2012

Directional ordering of protein molecules in a two-dimensional hexagonal lattice. An approach with a poker chip model

Junichi Higo, Shigeru Endo, Kuniaki Nagayama

Журнал:

Oxana V. Galzitskaya, Junichi Higo, Masataka Kuroda, Haruki Nakamura

Рік:

1992

Мова:

english

Файл:

PDF, 434 KB

english, 1992

β-hairpin folds by molecular dynamics simulations

Журнал:

Рік:

2000

Мова:

english

Файл:

PDF, 466 KB

english, 2000

Molecular dynamics study on mobility and dipole ordering of solvent around proteins: effects of periodic-box size and protein charge

Junichi Higo, Hidetoshi Kono, Nobuyuki Nakajima, Hiroki Shirai, Haruki Nakamura, Akinori Sarai

Журнал:

Higo, Junichi, Nagayama, Kuniaki

Рік:

1999

Мова:

english

Файл:

PDF, 983 KB

english, 1999

Model study of two-dimensional protein aggregates in the nucleation stage of crystallization

Журнал:

The Journal of Chemical Physics

Рік:

1993

Мова:

english

Файл:

PDF, 782 KB

english, 1993

Simulation study on the disordered state of an Alzheimer's β amyloid peptide Aβ(12–36) in water consisting of random-structural, β-structural, and helical clusters

Jinzen Ikebe, Narutoshi Kamiya, Jun-Ichi Ito, Heisaburo Shindo, Junichi Higo

Журнал:

Рік:

2007

Мова:

english

Файл:

PDF, 923 KB

english, 2007

Energy landscape of a peptide consisting of α-helix, 310-helix, β-turn, β-hairpin, and other disordered conformations

Junichi Higo, Nobutoshi Ito, Masataka Kuroda, Satoshi Ono, Nobuyuki Nakajima, Haruki Nakamura

Журнал: